Mickaël Dupuis commence le cyclisme en 1989 à la sentinelle de Brienon comme benjamin avec ses frères. Il intégre le VC Sens en minine 2 jusqu'à junior, puis souhaitant évoluer dans le cyclisme, il intégre l'ASPTT de Dijon pendant 2 ans.

Mickaël Dupuis revient au VC Sens en DN2, coureur élite, avec Didier Lemoine jusqu'en 2002 puis rejoint le guidon Chalettois DN2 quand l'aventure sénonaise se termine en DN2. 

Après un break de 2 ans , Mickaël Dupuis revient au VC Sens en 2008 où il termine 6e de la classique nationale  Paris-Auxerre. Il a 30 ans et déjà 19 ans de cyclisme derrière lui.